2019年4月，实验室在《Nucleic Acids Research》发表题为“MSTD: an efficient method for detecting multi-scale topological domains from symmetric and asymmetric 3D genomic maps”的研究论文，提出了一种有效的方法从3维基因组数据中检测多尺度的拓扑结构域。

哺乳动物的染色体折叠缠绕在细胞核中，并形成丰富的层次结构。从MB尺度的激活或者非激活的染色体子室 (compartments A/B)，到百kb尺度的拓扑关联结构 (topologically associated domains, TADs) 或者子拓扑关联结构 (sub-TADs)，再到更为精细的染色体环(chromatin loops)。这些结构已经被认为是影响基因调控、细胞内生物过程、细胞分化、进化等的重要因素。该研究旨在提出一个通用且高效的多尺度拓扑结构域识别方法MSTD，以从多种类型的三维基因组数据中鉴定多尺度的拓扑结构，其中包括顺式的(cis)和反式(trans)的交互结构。该方法不仅能够鉴定多尺度的拓扑关联结构(TADs)，而且首次提出鉴定启动子锚定的交互结构域 (promoter-anchored interacting domains, PADs)和成对的拓扑关联交互结构域(pairwise topologically associating domains, PTADs)。该方法同样适用从常见的Hi-C数据鉴定多尺度TADs以及PTADs，并在准确率和计算效率都表现明显的优越性。